ACORDO DE COOPERAÇÃO TÉCNICA: EXPLORAÇÃO DO TRANSCRIPTOMA DE RUMINANTES: IDENTIFICAÇÃO DE GENES DIFERENCIALMENTE EXPRESSOS E CARACTERIZAÇÃO FUNCIONAL ASSOCIADA A FENÓTIPOS PRODUTIVOS

Descrição

Objetiva-se explorar o transcriptoma de ruminantes, utilizando dados de RNA-Seq provenientes de experimentos na área de nutrição e produção animal, a fim de compreender os mecanismos moleculares associados a diferentes condições nutricionais e de manejo. Serão realizados o sequenciamento e a análise de transcriptomas, seguidos da identificação de genes diferencialmente expressos e sua associação com fenótipos produtivos. As etapas incluirão controle de qualidade das leituras (FastQC), remoção de sequências de baixa qualidade (Trimmomatic), alinhamento ao genoma de referência (Hisat2) e montagem de transcritos (Cufflinks/Cuffmerge). A identificação e classificação de lncRNAs ocorrerá com o uso do FEELnc, e a análise funcional dos transcritos será conduzida no Cytoscape/ClueGO para a caracterização de vias metabólicas e processos biológicos relevantes. Espera-se gerar um banco de dados de expressão gênica aplicável a diversas espécies, contribuindo para o desenvolvimento de ferramentas biotecnológicas e para o fortalecimento da cooperação científica entre instituições de ensino e pesquisa.

Palavras-chave

• expressão gênica
• lncRNA
• RNA-Seq
• ruminantes
• transcriptômica
• vias metabólicas

Grupo de pesquisa

dgp.cnpq.br/dgp/espelhogrupo/1500456347169818