Quantificação do DNA bacteriano em diferentes matrizes biológicas do tambaqui (Colossoma macropomum) por qPCR: implicações para a sanidade aquícola

Descrição

O presente estudo tem como objetivo quantificar o DNA bacteriano em diferentes matrizes biológicas do tambaqui (Colossoma macropomum) — filamentos branquiais, secreção epitelial e tecido muscular — por meio da técnica de PCR em tempo real (qPCR) utilizando o gene 16S rRNA, visando contribuir para a compreensão dos processos de contaminação microbiológica do pescado e sua possível relação com a doença de Haff no estado do Amazonas. O consumo de pescado tem aumentado significativamente nas últimas décadas devido ao seu elevado valor nutricional e importância econômica, especialmente na região amazônica, onde constitui uma das principais fontes de proteína para populações ribeirinhas. Entretanto, a alta suscetibilidade do pescado à contaminação microbiológica o torna um importante veículo de doenças alimentares, destacando-se a doença de Haff, registrada no Amazonas desde 2008 e ainda com etiologia não completamente compreendida. A contaminação por microrganismos potencialmente toxigênicos pode ocorrer por diferentes vias, incluindo as brânquias, a secreção epitelial e o tecido muscular, que atuam como interfaces críticas de contato com o ambiente e possíveis portas de entrada e disseminação de patógenos. As amostras, já foram coletadas no período da vazante (julho a outubro) na região de Novo Remanso situada no município de Itacoatiara-AM, área com maior número de registros da doença, e em Iranduba-AM, utilizado como área controle. Foram obtidos 39 exemplares de peixes provenientes do comércio local e de pescadores, os quais foram acondicionados sob refrigeração e transportados ao Laboratório Temático de Biologia Molecular do INPA. No laboratório, fragmentos das matrizes biológicas foram armazenados em etanol absoluto a -20 °C, e o DNA será extraído utilizando o kit DNeasy® Blood & Tissue, com inclusão de controles negativos para validação do processo e monitoramento de possíveis contaminações, seguindo protocolo do fabricante. A detecção e quantificação do DNA bacteriano serão realizadas por qPCR utilizando primers universais da região V4 do gene 16S rRNA. As reações serão conduzidas com o sistema SYBR Green, em termociclador QuantStudio 6 Flex, sob condições padronizadas de amplificação, permitindo alta sensibilidade e especificidade na quantificação do DNA bacteriano nas diferentes matrizes biológicas analisadas. Esta pesquisa contribuirá diretamente para as investigações desenvolvidas nos projetos “Rastreamento molecular em DNA ambiental de possíveis patógenos associados à doença de Haff no Estado do Amazonas”, financiado pela FAPEAM (Edital N.º 008/2022 – KUNHÃ), e “Explorando os mistérios da doença de Haff: uma investigação molecular e química aplicada ao rastreio de possíveis patógenos (Edital N.º 006/2024), ampliando o entendimento sobre a diversidade microbiana associada ao pescado e seu potencial papel na ocorrência da doença. Espera-se que os resultados obtidos contribuam para o avanço do conhecimento sobre a microbiota ao tambaqui, auxiliando na identificação de possíveis agentes envolvidos na doença de Haff e fortaleçam estratégias de monitoramento sanitário, segurança alimentar e saúde pública na região amazônica.