Projeto para pesquisador colaborador (projeto Conhecimento Brasil - CNPq) - Espectroscopia em biomoléculas: superando desafios computacionais pelo desenvolvimento de um protocolo multiescala baseado em técnicas de MD-QM/MM e Machine Learning

Descrição

A proposta tem como objetivo desenvolver um novo protocolo multiescala que combina diversos métodos computacionais, como dinâmica molecular convencional (cMD), métodos de amostragem aprimorada (τ-RAMD) e simulações de mecânica quântica/mecânica molecular (QM/MM) para estudar a transferência de energia eletrônica (EET) e a cinética de ligação em sistemas biomoleculares. O projeto foca em dois sistemas principais: metaloproteínas, como a α-Anidrase Carbônica, e a proteína translocadora (TSPO) envolvida na Terapia Fotodinâmica (PDT). A pesquisa aborda as limitações da dinâmica molecular clássica na simulação de interações proteína-ligante, integrando potenciais de aprendizado de máquina (ML) e técnicas de amostragem avançada para prever trajetórias de dissociação de ligantes e propriedades espectroscópicas. O projeto visa criar uma estrutura automatizada para analisar trajetórias moleculares, com o potencial de levar a novos avanços na descoberta de fármacos e tratamentos para o câncer. O estudo será realizado em colaboração com especialistas internacionais e utilizará os recursos computacionais disponíveis na UFABC.